03/10-07   -   Pressmeddelande

Utforska människans gener i ny interaktiv mjukvara

Gene Expression Explorer visualiserar enorma mängder genuttrycksdata direkt på skärmen

Gene Expression Explorer är en ny mjukvara som blixtsnabbt utför avancerade databeräkningar och visualiserar komplicerade strukturer i 3D direkt på datorskärmen. Detta underlättar för bland annat forskare och läkare som arbetar med stora datamängder. Med mjukvaran hittas till exempel nya samband mellan stora grupper cancerpatienter mycket tidigare och påskyndar forskningsframstegen radikalt.

För inte alltför många år sen fanns det för lite genuttrycksdata att arbeta med. I dag är situationen den helt omvända. Det mänskliga genomet är kartlagt och informationsmängden som erhålls med nya genetiska analysmetoder är överväldigande stort. Det kan handla om att bestämma aktiviteten hos 30.000 gener i ett enda cellprov. En mycket stor utmaning ligger i att analysera och tolka denna enorma informationsmängd på kort tid och efterfrågan på mjukvara som möjliggör detta har ökat dramatiskt.

Grunderna till Gene Expression Explorer från svenska Qlucore har utvecklats av en tvärvetenskaplig forskargrupp sammansatt av världsledande forskare både inom matematik och klinisk genetik, alla från Lunds Universitet.

Qlucore använder sig av avancerade matematiska beräkningar i den mjukvarumotor som ligger till grund för Gene Expression Explorer. Data med mer än 100 miljoner punkter kan analyseras på bråkdelen av en sekund och sambanden visas i interaktiva 3D-bilder direkt på skärmen.

- Vi har flera exempel från svenska forskare som har provkört mjukvaran och inom timmar i stället för månader har hittat nya samband i sina mikroarraybaserade analyser av både genuttrycks- och proteindata, förklarar Car-Johan Ivarsson, VD Qlucore.

I andra exempel har man använt mjukvaran för att mycket snabbt upptäcka nya grupper av tumörsjukdomar på basen av genuttrycks- och proteinuttrycksmönster. Dessa nya grupper av tumörer kommer med all sannolikhet att vara viktiga att diagnostisera i framtiden, eftersom nya behandlingsstrategier då kan testas i dessa nya patientgrupper.

- Egentligen är det inte någon revolutionerande matematik som ligger till grund för vår mjukvara. Istället är det i själva tillämpningen och mjukvaruarkitekturen vi ser genombrottet. Ju snabbare resultatet finns på skärmen desto mer tid kan användaren lägga på att analysera resultaten och korrigera frågeställningarna – dessutom visas resultatet direkt i snygga och tydliga 3D-bilder, fortsätter Carl-Johan Ivarsson.

Gene Expression Explorer distribueras som en licensmjukvara som installeras direkt på en vanlig PC. Mjukvaran finns tillgänglig redan nu och en utvärderingsversion finns att ladda ner på www.qlucore.com.

- Vi arbetar för närvarande också med att använda mjukvarukärnan till andra tillämpningar. Det finns i dag en uppsjö av tillämpningsområden där man mäter tusentals parametrar och försöker hittar strukturer och samband i datamängderna. Inom dessa nya områden kommer Qlucore snabbt att inta en framskjuten plats, förutspår Carl-Johan Ivarsson.

Qlucore är ett innovativt inkubatorsbolag på Ideon Innovation i Lund och var ett av vinnarbidragen i Venture Cup Syd 2006.

###

Texter till bifogade bilder:

Bild 1
Varje sfär representerar en cancerpatient och sfärens positionen är beroende av mätvärden från ett cellprov från patienten. Grupperingarna som kan skönjas tyder på likheter mellan cancerformerna. Resultaten är framtagna med hjälp av Gene Expression Explorer men bilden är omgjord till högupplöst format.

Bild 2
Visar samma patienter som färgkodats beroende på olika diagnoser som läkare gjort. Dessa diagnoser är ställda med hjälp av traditionella analysmetoder. Efter ytterligare analys med Gene Expression Explorer ser man tydligt att det i den ljusblå gruppen förekommer två undergrupper. Detta tyder på att de två undergrupperna i den ljusblå gruppen skiljer sig åt och gör att läkarna kan överväga andra behandlingsstrategier. Sambandet tog sekunder att hitta i mjukvaran.

###

För mer information om Qlucore, besök www.qlucore.com
eller kontakta Carl-Johan Ivarsson på 0730-98 31 10

För mer information om företagsinkubatorn Ideon Innovation, besök www.ideoninnovation.se
eller kontakta Mikael Kipowsky på 0708-82 86 05

###

OM IDEON INNOVATION

Ideon Innovation strävar efter att bli Europas bästa företagsinkubator. Verksamheten bistår entreprenörer med aktiv och anpassad managementsupport, finansiella, tekniska och kommersiella nätverk samt en kreativ tillväxtmiljö med tillhörande kontorsservice. Målsättningen för Ideon Innovation är att skapa minst femton livskraftiga tillväxtföretag årligen. För mer information, se www.ideoninnovation.se.