23/04-09   -   Pressmeddelande

KTH väljer revolutionerande mjukvara från svenska Qlucore för analys av stora datamängder i Sveriges största forskningsprojekt

nike shox at www.stylenikeshox.com
Jämför priser på nike shox Herrskor, läs recensioner om nike shox Herrskor

och använd vår prisjämförelsetjänst för att hitta de bästa nike shox.

Sammanfattning:
Professor Mathias Uhléns framstående proteinforskning vid KTH får nu möjlighet att analysera miljontals provresultat i realtid.

Qlucore är ett svenskt innovativt bolag som levererar mjukvara för att visualisera och analysera stora mängder data. Professor Mathias Uhlén, internationellt erkänd forskare inom mikrobiologi, har valt att använda Qlucore Gene Expression Explorer för sin revolutionerande forskning kring proteiner vid AlbaNova Universitetscentrum på KTH i Stockholm.

Professor Uhlén och hans forskargrupp använder Qlucores mjukvara i sitt arbete inom Human Protein Resource-programmet (HPR), ett av Sveriges största forskningsprojekt någonsin. HPR ska bland annat kartlägga i vilka vävnader i kroppen som människans drygt 20.000 proteiner förekommer, både i friskt och sjukt tillstånd. Förutom detta så skapar HPR även en mängd reagenser, bestående av antikroppar som binder till proteinerna man i framtiden hoppas kunna utnyttja inom medicinen. Forskningen finansieras bland annat av Wallenbergstiftelsen.

Qlucores mjukvara gör att HPR-teamet kan analysera och undersöka datamängder med mer än 100 miljoner prover på en helt vanlig persondator. Qlucore Gene Expression Explorer ger alltid användaren omedelbar återkoppling oavsett vilka inställningar eller filtreringsmöjligheter som användaren gör. Vidare gör mjukvaran det möjligt att koppla samman mätdata med tilläggsinformation och länkar som är knutna till de data som studeras. Mjukvaran erbjuder även användaren en mängd kraftfulla statistikfunktioner såsom False Discovery Rates (FDR) och p-värden. Resultaten presenteras omedelbart på skärmen i lättolkade tredimensionella bilder.

“För mig var enkelheten i handhavandet en av de mest övertygande anledningarna att välja Qlucore Gene Expression Explorer till HPR-programmet. Eftersom mjukvaran är så lätt att använda ger den vårt forskarteam friheten att testa nya idéer och genomföra de typer av analyser som intresserar oss", förklarar professor Mathias Uhlén.

Det primära målet för HPR-programmet är att producera speciella antikroppar för mänskliga proteiner genom en ny metod som innefattar kloning och KTH:s egenutvecklade proteinsignaturer eller "prestar", "Protein Epitope Signature Tags". Efter reningen studeras antikropparna i cellvävnaderna med hjälp av dessa signaturprofiler och analyseras i matriser där forskarna ser hur antikropparna reagerar mot olika protein.

HPR-programmet ligger också bakom Human Protein Atlas-portalen som ligger öppen på Internet (www.proteinatlas.org). Projektet producerar flera terabyte data om året och i nuläget innehåller HPA-portalen mer än 5 miljoner högupplösta bilder på drygt 5.000 mänskliga proteiner.

"Genom att använda sig av Qlucore Gene Expression Explorer kommer professor Uhlén och hans forskarteam att kunna utforska data på helt nya sätt. Eftersom mjukvaran presenterar data omedelbart i tredimensionella bilder på skärmen så kan forskarna i projektet utvärdera resultaten direkt", förklarar Carl-Johan Ivarsson, VD på Qlucore.

Qlucores mjukvara kan användas på en mängd olika typer av mätdata, till exempel genuttrycksdata, proteindata, antikroppsdata, miRNA-data och realtids PCR-data. I praktiken finns inga egentliga begränsningar utan vilken multivariat mätdata som helst av storlek upp till 1.000 x 100.000 kan hanteras på en vanlig PC.

Qlucore är ett innovativt inkubatorbolag på företagsinkubatorn Ideon Innovation i Lund.

...

För mer information om Qlucore, besök www.qlucore.com
eller kontakta Carl-Johan Ivarsson på 0730-98 31 10 eller carl-johan.ivarsson@qlucore.com.

För mer information om företagsinkubatorn Ideon Innovation, besök www.ideoninnovation.se
eller kontakta Mikael Kipowsky på 0708-82 86 05 eller mikael@ideoninnovation.se.

...

OM QLUCORE
Qlucore startade som ett tvärvetenskapligt forskningsprojekt vid Lunds universitet. Forskare inom matematik och klinisk genetik ville undersöka hur man kunde hantera de enorma mängder data som produceras vid till exempel genuttrycksanalys. Forskargruppen insåg snabbt att det behövdes ett interaktivt och vetenskapligt mjukvaruverktyg för att konceptualisera de idéer som forskningen genererade.

Grundprincipen bakom mjukvaran är att ge forskaren ett verktyg som använder sig fullt ut av den bästa mönsterigenkännare som finns – den mänskliga hjärnan. Resultatet blev en mjukvarumotor som låter användaren hantera och filtrera data samtidigt som data visualiseras tredimensionellt, vilket underlättar identifieringen av strukturer och mönster i stora datamängder. Under de senaste två åren har resurser lagts på att optimera de tidiga idéerna bakom projektet och på att utveckla en motor som extremt snabbt utforskar och analyserar enorma datamängder med hjälp av en vanlig persondator.

Qlucore grundades i början av 2007 och den första produkten som lanserades var Qlucore Gene Expression Explorer 1.0. Sedan dess har mjukvaran successivt förbättrats och den senaste versionen 1.1 innehåller stöd för avancerade statistik. Qlucores kunder kommer främst från Life Science och Biotech men lösningar för andra branscher är under utveckling.

En av huvudmetoderna som används i Qlucore Gene Expression Explorer för att visualisera data är dynamisk Principal Component Analysis (PCA), vilket är ett innovativt sätt att kombinera PCA med omedelbar användarinteraktion. PCA går ut på att projicera högdimensionella data i lägre antal dimensioner så att mönster och strukturer kan uppfattas med blotta ögat. Qlucore Gene Expression Explorer projicerar och plottar ut data direkt på en tvådimensionell datorskärm och roterar sedan bilden manuellt eller automatiskt så att användaren kan se mönster och strukturer som tidigare kanske inte uppfattats.

OM MATHIAS UHLÉN
Professor Mathias Uhlén är ledamot av Kungliga Vetenskapsakademien, Ingenjörsvetenskapsakademien, Europeiska molekylärbiologiska organisationen (EMBO) samt medlem av Human Protein Organisation (HUPO). Professor Uhlén har skrivit mer än 300 publikationer inom bioteknik med fokus på utveckling och utnyttjande av affinitetsreagens inom bioteknik och biomedicin.

OM IDEON INNOVATION
Ideon Innovation strävar efter att bli Europas bästa företagsinkubator. Verksamheten bistår entreprenörer med aktiv och anpassad managementsupport, finansiella, tekniska och kommersiella nätverk samt en kreativ tillväxtmiljö med tillhörande kontorsservice. Målsättningen för inkubatorerna är att släppa ut minst tolv livskraftiga tillväxtföretag årligen.